Giai đoạn 1533-1599

Về cơ bản, bộ máy hành chính giai đoạn này dựa theo thời Lê Thánh Tông trước đây. Đầu não là Đại Tư đồ, Đại Tư mã, Đại tư không, Tam thái (Thái sư, thái úy, thái bảo), Tam thiếu (Thiếu sư, thiếu úy, thiếu bảo).

Trong triều đình vẫn có tổ chức Lục bộ là Lại Bộ, Lễ Bộ, Hộ Bộ, Binh Bộ, Hình Bộ, Công bộ. Mỗi bộ có một viên Thượng thư và 2 Tả bộ thị lang và cơ quan thường trực là Vụ tư sảnh đứng đầu. Thượng thư có hàm Tòng nhị phẩm, Thị lang có hàm Tòng tam phẩm, còn viên Tư vụ ở Vụ tư sảnh chỉ có hàm tòng bát phẩm[1].

Giám sát Lục bộ là Lục khoa tương ứng. Giúp việc cho Lục bộ là lục tự, gồm Đại lý tự, Thái thường tự, Quang lộc tự, Thái bộc tự, Hồng lô tự, Thượng bảo tự.

Về ban võ, chúa Trịnh phỏng theo chế độ của thời Lê sơ. Quân lính chia làm 5 phủ gồm đô đốc phủ: trung quân, bắc quân, nam quân, tây quân, đông quân. Mỗi phủ có chức Tả, Hữu đô đốc, Đồng tri và Thiêm sự.

Giai đoạn 1600-1664

Năm 1600, Trịnh Tùng được phong vương, chính thức trở thành chúa. Họ Trịnh được hưởng thế tập ngôi chúa. Từ đây họ Trịnh lập ra hệ thống tổ chức chính quyền ở phủ chúa tương ứng với chính quyền có sẵn bên cung vua.

Trước tiên, Trịnh Tùng bãi bỏ chức Tả, Hữu thừa tướng và Bình chương của thời trước, đặt ra chức Tham tụng làm việc Tể tướng. Quyền lực của Tham tụng rất lớn, đều do chúa Trịnh tiến cử từ các viên Thượng thư (tương đương với Bộ trưởng) hoặc Thị lang lên[2].

Năm 1601, Trịnh Tùng đặt thêm chức Bồi tụng đảm đương trọng trách trong phủ Chúa. Dưới Tham tụng và Bồi tụng, chúa Trịnh đặt thêm các Phiên, tương đương với các Bộ bên cung vua. Ban đầu chỉ có 3 Phiên là Bộ phiên, Binh phiên và Thủy sư phiên nhằm đáp ứng nhu cầu quản trị của chúa Trịnh trong thời kỳ đầu. Tham tụng và Bồi tụng được gọi là quan Phủ liêu.

Tờ tâu lên vua gọi là sớ, tâu lên chúa gọi là khải.

Giai đoạn 1664-1718

Tuy có Tam phiên nhưng về cơ bản, trong giai đoạn đầu, chức năng nhiệm vụ chủ chốt vẫn ở Lục bộ. Số Thượng thư Lục bộ trong hơn 100 năm đầu thời Lê trung hưng còn thiếu, mãi đến năm 1664, Trịnh Tạc mới đặt đủ Thượng thư (tương đương Bộ trưởng) cả sáu bộ[2].

Năm 1675, chúa Trịnh Tạc quy định lại một số chức năng của Lục bộ như sau[3]:

• Lại Bộ: Trông coi việc tuyển bổ, thăng thưởng, xét hạch và thăng giáng quan tước
• Lễ Bộ: Trông coi việc nghi lễ, tế tự, mừng tiệc yến; học hành thi cử, đúc ấn tín; các chi tiết về mũ áo, chương tấu, việc đi cống, đi sứ, vào chầu. Kiêm coi việc thiên văn, y, bốc (bói toán), sư sãi, giáo phường, đồng văn, nhã nhạc.
• Hộ Bộ: Trông coi công việc ruộng đất, tài chính, hộ khẩu, tô thuế kho tàng, thóc tiền và ruộng lộc, thuế muối, sắt.
• Binh Bộ: Trông coi việc binh nhung, cấm vệ, xe ngựa nghi trượng, khí giới, dịch trạm; đặt quan trấn thủ nơi biên cảnh, tổ chức việc giữ gìn các nơi hiểm yếu có dân tộc thiểu số và ứng phó các việc khẩn cấp;
• Hình Bộ: Trông coi việc thi hành luật, lệnh, hành pháp, xét lại các việc tù, ngục, kiện cáo;
• Công bộ: Trông coi việc xây dựng thành trì, sửa chữa cầu đường, cung điện thành trì và quản đốc thợ thuyền; quản lý núi rừng, sông đầm, vườn tược.

Về cơ bản, Lục bộ vẫn nắm quyền hành khá lớn. Dù đặt ra Tam phiên trực thuộc mình và hoàn toàn chi phối Lục bộ nhưng chúa Trịnh vẫn đóng vai trò người phụ tá cao nhất của vua Lê[4].

Về ban võ, Trịnh Tạc đặt ra chức Chưởng phủ sự, Thự phủ sự và Quyền phủ sự đứng đầu, gọi là quan Ngũ phủ. Họ có nhiệm vụ bàn định các việc trong phủ và tra xét các tờ khải tâu lên. Những người đảm nhận chức vụ này đều là công thần hoặc thân thuộc.

Từ 1718

Năm 1718, chúa Trịnh Cương lập ra đủ Lục phiên ở phủ chúa: Ngoài Binh phiên và Hộ phiên đặt từ trước, tới lúc đó đặt thêm Lại phiên, Lễ phiên, Hình phiên, Công phiên, tương đương 6 Bộ của triều đình vua Lê (Thủy sư phiên thuộc về Binh phiên). Kể từ lúc này, toàn bộ việc tiền tài, thuế khóa, việc quân, việc dân đều thuộc cả về các phiên ty[4].

Việc thuế khóa trước kia do 46 hiệu đứng ra thu thì Trịnh Cương gộp cả vào trong 6 cung trực thuộc 6 phiên: Cung tả trưng, Cung hữu trưng, Cung Đông, Cung Nam, Cung Đoài, Cung Bắc.

Đứng đầu các Phiên là Tri phiên (tương đương với Thượng thư bên Lục bộ), Phó tri phiên (tương đương Thị lang), Thiêm tri phiên, Nội sai và Lại phiên cùng thuộc lại tất cả 60 người. Phẩm hàm của các quan lại bên Phiên thì Tri phiên tương đương Thượng thư, Phó tri phiên tương đương Thị Lang, còn các chức khác tương đương đều kém bên Lục bộ 1-2 bậc.

Thực quyền

Quá trình lập ra Ngũ phủ (ban võ) và Phủ liêu (Ban văn) cùng các cơ quan giúp việc (Lục phiên) là một quá trình thâu tóm quyền hành từ cung vua về phủ chúa. Triều đình vua Lê cuối cùng chỉ còn vài chức quan hư hàm làm nhiệm vụ nghi thức.

Về danh nghĩa, chúa Trịnh chỉ xưng vương và đứng đầu Ngũ phủ, Phủ liêu nhưng trên thực tế lại nắm hết quyền điều hành việc nước.

Các nhà sử học đánh giá, việc lập thêm các cơ quan giúp việc cho phủ chúa thực chất chuyển quyền hành cho chúa Trịnh và làm cồng kềnh thêm bộ máy chính quyền[5].